Il Museo della Zecca è costituito da circa 20.000 opere: monete, medaglie, oggetti di conio e bozzetti in cera.
Le monete comprendono una ricca raccolta di emissioni di Stati italiani ed esteri dal Medioevo ai giorni nostri ed un interessante nucleo di studi per monetazione, progetti e monete di prova.
La collezione di medaglie comprende tre nuclei principali di particolare interesse storico e artistico. Il primo è composto dalle medaglie pontificie (1913 pezzi), la maggior parte riconiazioni realizzate nella prima metà dell'Ottocento da Francesco Mazio, direttore della Zecca Pontificia.
Il secondo gruppo è costituito dalle medaglie religiose, anche dette di devozione, del XVIII e XIX secolo; medaglie eseguite dagli incisori papali nelle loro botteghe private per i pellegrini e devoti che giungevano a Roma.
Infine, il terzo gruppo comprende le medaglie del Novecento, opere di artisti italiani e stranieri. In questo nucleo vi sono anche numerose opere provenienti da donazioni fra cui la collezione di medaglie fuse di Orlando Paladino Orlandini (1905-1986).
Il nucleo "oggetti di conio" comprende conii e punzoni della raccolta pontificia e parte di quelli utilizzati per le medaglie di devozione.
Il museo è arricchito da una collezione di bozzetti in cera per medaglie e cammei, materiale ausiliario alla produzione delle opere che assume valore ed interesse di realizzazione autonoma. Il gruppo più numeroso (425 cere) è rappresentato dai lavori di Benedetto Pistrucci (1784-1855). Incisore romano ha svolto la gran parte della propria attività a Londra alla Royal Mint, dove ha realizzato la sterlina d'oro della quale il museo espone il modello originale. Inoltre sono esposte le cere di Giuseppe (1808-1877) e Francesco Bianchi (1842-1918), padre e figlio, incisori della Zecca Pontificia nella seconda metà dell'Ottocento.